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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Tacuarembó. |
Fecha : |
21/02/2014 |
Actualizado : |
30/09/2019 |
Tipo de producción científica : |
Documentos |
Autor : |
BALMELLI, G.; RESQUIN, F.; RACHID, C.; NUÑEZ, P.; RODRIGUEZ, F.; GONZALEZ, C. |
Afiliación : |
GUSTAVO DANIEL BALMELLI HERNANDEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; JOSE FERNANDO RESQUIN PEREZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; ANA CECILIA RACHID CASNATI, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; PABLO TABARE NUÑEZ RODRIGUEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; FEDERICO GONZALO RODRIGUEZ ALBORNOZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CARLOS WILFREDO GONZALEZ BENAVIDEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
Título : |
Eucaliptos colorados, avances en mejoramiento genético y manejo silvicultural. |
Fecha de publicación : |
2012 |
Fuente / Imprenta : |
ln: INIA Tacuarembó. Unidad Experimental La Magnolia. Día de Campo, 28 de marzo, Tacuarembó, 2012. Integración e intensificación productiva para el norte. Tacuarembó (Uruguay): INIA , 2012. |
Páginas : |
p. 13-21 |
Serie : |
(INIA Serie Actividades de Difusión; 675) |
Idioma : |
Español |
Contenido : |
Existen varias especies de eucaliptos ?colorados? (denominados de esta forma por la coloración de su madera), siendo E. tereticornis y E. camaldulensis las más
conocidas. Ambas especies presentan una gran plasticidad, adaptándose a una amplia variedad de suelos y condiciones climáticas, por lo cual se las encuentra en todo el país, generalmente en pequeños montes (islas) y en cortinas rompevientos. La mayor parte de dichos montes fueron plantados por productores ganaderos hace más de 50 años con el objetivo de dar abrigo y sombra al ganado. En los últimos 20 años el desarrollo de la forestación con fines industriales, realizada por empresas forestales, llevó a la sustitución de los eucaliptos colorados por especies de más rápido crecimiento y madera de mayor aptitud para la producción de celulosa, como E. globulus, E. grandis y E. dunnii. Sin embargo en los últimos años se observa un creciente interés por parte de productores agropecuarios en diversificar su producción mediante la plantación de especies forestales que permitan obtener productos de alto valor. La madera de los eucaliptos colorados tiene alta densidad y dureza, siendo muy apta para productos sólidos (pisos y muebles), para tableros de fibras de alta densidad y también para fines energéticos (leña y carbón). A su vez, por su resistencia y durabilidad, la madera es muy apreciada para columnas, postes, piques y carpintería rural. El Programa Forestal del INIA ha venido evaluando el comportamiento productivo de E. tereticornis y E. camaldulensis en ensayos instalados en diferentes suelos, habiendo establecido recientemente ensayos para evaluar alternativas silviculturales para ambas especies. A su vez, con el objetivo de incrementar la productividad de E. tereticornis mediante la producción de semilla mejorada localmente, en el año 2007 se da inicio a un Plan de Mejora Genética para esta especie. Se presenta a continuación un resumen de los avances obtenidos y de las actividades previstas en dichos proyectos. MenosExisten varias especies de eucaliptos ?colorados? (denominados de esta forma por la coloración de su madera), siendo E. tereticornis y E. camaldulensis las más
conocidas. Ambas especies presentan una gran plasticidad, adaptándose a una amplia variedad de suelos y condiciones climáticas, por lo cual se las encuentra en todo el país, generalmente en pequeños montes (islas) y en cortinas rompevientos. La mayor parte de dichos montes fueron plantados por productores ganaderos hace más de 50 años con el objetivo de dar abrigo y sombra al ganado. En los últimos 20 años el desarrollo de la forestación con fines industriales, realizada por empresas forestales, llevó a la sustitución de los eucaliptos colorados por especies de más rápido crecimiento y madera de mayor aptitud para la producción de celulosa, como E. globulus, E. grandis y E. dunnii. Sin embargo en los últimos años se observa un creciente interés por parte de productores agropecuarios en diversificar su producción mediante la plantación de especies forestales que permitan obtener productos de alto valor. La madera de los eucaliptos colorados tiene alta densidad y dureza, siendo muy apta para productos sólidos (pisos y muebles), para tableros de fibras de alta densidad y también para fines energéticos (leña y carbón). A su vez, por su resistencia y durabilidad, la madera es muy apreciada para columnas, postes, piques y carpintería rural. El Programa Forestal del INIA ha venido evaluando el comportamiento productivo de E.... Presentar Todo |
Palabras claves : |
EUCLIPTOS COLORADOS. |
Thesagro : |
EUCALYPTUS; FORESTACIÓN. |
Asunto categoría : |
K10 Producción forestal |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/11230/1/SAD-675P13-21.pdf
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Marc : |
LEADER 02849naa a2200241 a 4500 001 1026185 005 2019-09-30 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aBALMELLI, G. 245 $aEucaliptos colorados, avances en mejoramiento genético y manejo silvicultural. 260 $c2012 300 $ap. 13-21 490 $a(INIA Serie Actividades de Difusión; 675) 520 $aExisten varias especies de eucaliptos ?colorados? (denominados de esta forma por la coloración de su madera), siendo E. tereticornis y E. camaldulensis las más conocidas. Ambas especies presentan una gran plasticidad, adaptándose a una amplia variedad de suelos y condiciones climáticas, por lo cual se las encuentra en todo el país, generalmente en pequeños montes (islas) y en cortinas rompevientos. La mayor parte de dichos montes fueron plantados por productores ganaderos hace más de 50 años con el objetivo de dar abrigo y sombra al ganado. En los últimos 20 años el desarrollo de la forestación con fines industriales, realizada por empresas forestales, llevó a la sustitución de los eucaliptos colorados por especies de más rápido crecimiento y madera de mayor aptitud para la producción de celulosa, como E. globulus, E. grandis y E. dunnii. Sin embargo en los últimos años se observa un creciente interés por parte de productores agropecuarios en diversificar su producción mediante la plantación de especies forestales que permitan obtener productos de alto valor. La madera de los eucaliptos colorados tiene alta densidad y dureza, siendo muy apta para productos sólidos (pisos y muebles), para tableros de fibras de alta densidad y también para fines energéticos (leña y carbón). A su vez, por su resistencia y durabilidad, la madera es muy apreciada para columnas, postes, piques y carpintería rural. El Programa Forestal del INIA ha venido evaluando el comportamiento productivo de E. tereticornis y E. camaldulensis en ensayos instalados en diferentes suelos, habiendo establecido recientemente ensayos para evaluar alternativas silviculturales para ambas especies. A su vez, con el objetivo de incrementar la productividad de E. tereticornis mediante la producción de semilla mejorada localmente, en el año 2007 se da inicio a un Plan de Mejora Genética para esta especie. Se presenta a continuación un resumen de los avances obtenidos y de las actividades previstas en dichos proyectos. 650 $aEUCALYPTUS 650 $aFORESTACIÓN 653 $aEUCLIPTOS COLORADOS 700 1 $aRESQUIN, F. 700 1 $aRACHID, C. 700 1 $aNUÑEZ, P. 700 1 $aRODRIGUEZ, F. 700 1 $aGONZALEZ, C. 773 $tln: INIA Tacuarembó. Unidad Experimental La Magnolia. Día de Campo, 28 de marzo, Tacuarembó, 2012. Integración e intensificación productiva para el norte. Tacuarembó (Uruguay): INIA , 2012.
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Registro original : |
INIA Tacuarembó (TBO) |
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Biblioteca (s) : |
INIA Treinta y Tres. |
Fecha actual : |
04/11/2019 |
Actualizado : |
03/12/2019 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Circulación / Nivel : |
-- - -- |
Autor : |
DOSTER, E.; ROVIRA, P.J.; NOYES, N.R.; BURGESS, B.A.; YANG, X.; WEINROTH, M.D.; LINKE, L.; MAGNUSON, R.; BOUCHER, C.; BELK, K.E.; MORLEY, P.S. |
Afiliación : |
ENRIQUE DOSTER, Department in Microbiology, Immunology and Pathology, Colorado State University, USA.; PABLO JUAN ROVIRA SANZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; NOELLE R. NOYES, Department of Veterinary Population Medicine, University of Minnesota, USA.; BRANDY A. BURGESS, Department of Population Health, University of Georgia, USA.; XIANG YANG, Department of Animal Science, University of California, Davis, Davis, CA, USA.; MARGARET D. WEINROTH, Department of Animal Sciences, Colorado State University, USA.; LINDSEY LINKE, Department of Clinical Sciences, Colorado State University, USA.; ROBERTA MAGNUSON, Department of Clinical Sciences, Colorado State University, USA.; CHRISTINA BOUCHER, Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Florida, USA.; KEITH E. BELK, Department of Animal Sciences, Colorado State University, Colorado, USA.; PAUL S. MORLEY, Veterinary Education, Research, and Outreach Center, West Texas A&M University, Texas, USA. |
Título : |
A cautionary report for pathogen identification using shotgun metagenomics; a comparison to aerobic culture and polymerase chain reaction for Salmonella enterica identification. |
Fecha de publicación : |
2019 |
Fuente / Imprenta : |
Frontier in Microbiology, 2019, 10:2499. doi: 10.3389/fmicb.2019.02499 |
Páginas : |
7 p. |
DOI : |
10.3389/fmicb.2019.02499 |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article history: received: 8 July 2019 // Accepted 16 October 2019 // Published 01 November 2019.
Open Access Journal. www.frontiersin.org |
Contenido : |
This study was conducted to compare aerobic culture, polymerase chain reaction (PCR), lateral flow immunoassay (LFI), and shotgun metagenomics for identification
of Salmonella enterica in feces collected from feedlot cattle. Samples were analyzed in parallel using all four tests. Results from aerobic culture and PCR were 100%
concordant and indicated low S. enterica prevalence (3/60 samples positive). Although low S. enterica prevalence restricted formal statistical comparisons, LFI and deep metagenomic sequencing results were discordant with these results. Specifically, metagenomic analysis using k-mer-based classification against the RefSeq database indicated that 11/60 of samples contained sequence reads that matched to the S. enterica genome and uniquely identified this species of bacteria within the sample. However, further examination revealed that plasmid sequences were often included with bacterial genomic sequence data submitted to NCBI, which can lead to incorrect taxonomic classification. To circumvent this classification problem, we separated all plasmid sequences included in bacterial RefSeq genomes and reassigned them to a unique taxon so that they would not be uniquely associated with specific bacterial species such as S. enterica. Using this revised database and taxonomic structure, we found that only 6/60 samples contained sequences specific for S. enterica, suggesting increased relative specificity. Reads identified as S. enterica in these six samples were further evaluated using BLAST and NCBI?s nr/nt database, which identified that only 2/60 samples contained reads exclusive to S. enterica chromosomal genomes. These two samples were culture- and PCR-negative, suggesting that even deep metagenomic sequencing suffers from lower sensitivity and specificity in comparison to more traditional pathogen detection methods. Additionally, no sample reads were taxonomically classified as S. enterica with two other metagenomic tools, Metagenomic Intra-species Diversity Analysis System (MIDAS) and Metagenomic Phylogenetic Analysis 2 (MetaPhlAn2). This study re-affirmed that the traditional techniques of aerobic culture and PCR provide similar results for S. enterica identification in cattle feces. On the other hand, metagenomic results are highly influenced by the classification method and reference database employed. These results highlight the nuances of computational detection of species-level sequences within short-read metagenomic sequence data, and emphasize the need for cautious interpretation of such results. MenosThis study was conducted to compare aerobic culture, polymerase chain reaction (PCR), lateral flow immunoassay (LFI), and shotgun metagenomics for identification
of Salmonella enterica in feces collected from feedlot cattle. Samples were analyzed in parallel using all four tests. Results from aerobic culture and PCR were 100%
concordant and indicated low S. enterica prevalence (3/60 samples positive). Although low S. enterica prevalence restricted formal statistical comparisons, LFI and deep metagenomic sequencing results were discordant with these results. Specifically, metagenomic analysis using k-mer-based classification against the RefSeq database indicated that 11/60 of samples contained sequence reads that matched to the S. enterica genome and uniquely identified this species of bacteria within the sample. However, further examination revealed that plasmid sequences were often included with bacterial genomic sequence data submitted to NCBI, which can lead to incorrect taxonomic classification. To circumvent this classification problem, we separated all plasmid sequences included in bacterial RefSeq genomes and reassigned them to a unique taxon so that they would not be uniquely associated with specific bacterial species such as S. enterica. Using this revised database and taxonomic structure, we found that only 6/60 samples contained sequences specific for S. enterica, suggesting increased relative specificity. Reads identified as S. enterica in these six samples were ... Presentar Todo |
Palabras claves : |
CULTURE; PATHOGEN IDENTIFICATION; PCR; SALMONELLA ENTERICA; SHOTGUN METAGENOMICS. |
Thesagro : |
CATTLE; FEEDLOT; VACAS. |
Asunto categoría : |
L73 Enfermedades de los animales |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/13700/1/Rovira-arb-2019-Frontiers-Microbiology.pdf
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Marc : |
LEADER 03789naa a2200373 a 4500 001 1060378 005 2019-12-03 008 2019 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.3389/fmicb.2019.02499$2DOI 100 1 $aDOSTER, E. 245 $aA cautionary report for pathogen identification using shotgun metagenomics; a comparison to aerobic culture and polymerase chain reaction for Salmonella enterica identification.$h[electronic resource] 260 $c2019 300 $a7 p. 500 $aArticle history: received: 8 July 2019 // Accepted 16 October 2019 // Published 01 November 2019. Open Access Journal. www.frontiersin.org 520 $aThis study was conducted to compare aerobic culture, polymerase chain reaction (PCR), lateral flow immunoassay (LFI), and shotgun metagenomics for identification of Salmonella enterica in feces collected from feedlot cattle. Samples were analyzed in parallel using all four tests. Results from aerobic culture and PCR were 100% concordant and indicated low S. enterica prevalence (3/60 samples positive). Although low S. enterica prevalence restricted formal statistical comparisons, LFI and deep metagenomic sequencing results were discordant with these results. Specifically, metagenomic analysis using k-mer-based classification against the RefSeq database indicated that 11/60 of samples contained sequence reads that matched to the S. enterica genome and uniquely identified this species of bacteria within the sample. However, further examination revealed that plasmid sequences were often included with bacterial genomic sequence data submitted to NCBI, which can lead to incorrect taxonomic classification. To circumvent this classification problem, we separated all plasmid sequences included in bacterial RefSeq genomes and reassigned them to a unique taxon so that they would not be uniquely associated with specific bacterial species such as S. enterica. Using this revised database and taxonomic structure, we found that only 6/60 samples contained sequences specific for S. enterica, suggesting increased relative specificity. Reads identified as S. enterica in these six samples were further evaluated using BLAST and NCBI?s nr/nt database, which identified that only 2/60 samples contained reads exclusive to S. enterica chromosomal genomes. These two samples were culture- and PCR-negative, suggesting that even deep metagenomic sequencing suffers from lower sensitivity and specificity in comparison to more traditional pathogen detection methods. Additionally, no sample reads were taxonomically classified as S. enterica with two other metagenomic tools, Metagenomic Intra-species Diversity Analysis System (MIDAS) and Metagenomic Phylogenetic Analysis 2 (MetaPhlAn2). This study re-affirmed that the traditional techniques of aerobic culture and PCR provide similar results for S. enterica identification in cattle feces. On the other hand, metagenomic results are highly influenced by the classification method and reference database employed. These results highlight the nuances of computational detection of species-level sequences within short-read metagenomic sequence data, and emphasize the need for cautious interpretation of such results. 650 $aCATTLE 650 $aFEEDLOT 650 $aVACAS 653 $aCULTURE 653 $aPATHOGEN IDENTIFICATION 653 $aPCR 653 $aSALMONELLA ENTERICA 653 $aSHOTGUN METAGENOMICS 700 1 $aROVIRA, P.J. 700 1 $aNOYES, N.R. 700 1 $aBURGESS, B.A. 700 1 $aYANG, X. 700 1 $aWEINROTH, M.D. 700 1 $aLINKE, L. 700 1 $aMAGNUSON, R. 700 1 $aBOUCHER, C. 700 1 $aBELK, K.E. 700 1 $aMORLEY, P.S. 773 $tFrontier in Microbiology, 2019, 10:2499. doi: 10.3389/fmicb.2019.02499
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Registro original : |
INIA Treinta y Tres (TT) |
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